Для того, чтобы пойти внутрь по дереву, нам нужно открыть пункт это может сделать функция OpenSubKey:

public RegistryKey OpenSubKey(string name);

Смотрим пример:

using System;
using Microsoft.Win32; 

class MainClass
{
	public static void Main(string[] args)
	{
		RegistryKey rk = Registry.CurrentConfig;
		foreach( string s in rk.GetSubKeyNames())
		{
			RegistryKey rkk=rk.OpenSubKey(s);
			Console.WriteLine(rkk.SubKeyCount); 	
			Console.WriteLine(s);
		}
	}
}

Все просто, имея имя мы можем открыть пункт дерева и посмотреть что там внутри. Смотрим результат:

И в реестре: